Le 10 juin 2010, le Nouvel Empire de Britannia a écrasé les forces japonaises et a conquit le pays en moins d'un mois grâce à leur mechas nommés Knightmare. Le Japon a perdu sa liberté et a été renommé Zone 11 tandis que les japonais ont perdu leur identité et sont appelés "Elevens". Ces derniers sont forcés de vivre dans des ghettos tandis que les colons britanniens occupent la majeure partie du territoire. Pourtant des mouvements rebelles naissent et les nationalistes japonais continuent la lutte pour l'indépendance.

Un jeune homme nommé Lelouch s'est juré de détruire l'empire de Britannia depuis que son père, l'empereur lui-même, n'a rien fait pour pourchasser les terroristes qui ont tué sa mère et estropié sa jeune sœur. Sept ans plus tard, lors d'une altercation entre les deux camps, il rencontre un groupe de rebelles Elevens qui ont volé un secret militaire : une mystérieuse jeune fille. En entrant en contact avec elle, Lelouch obtient le Geass, un pouvoir qui lui permet de contrôler la pensée de toute personnes qui croisent son regard, mais qui ne fonctionne qu'une seule fois sur chacune d'elles. Grâce à ce pouvoir, Lelouch va pouvoir mener le combat qu'il a toujours voulu contre Brittania et poursuivre ses deux rêves : venger sa mère et créer un monde où sa sœur pourra vivre en paix.

Il aura l'aide d'un nouveau venu : son clone. Lelouch aura demander aux membres scientifiques de l'OdCN de lui fabriquer un clone à partir de son ADN. Ainsi il créa un troisième Zero (car le deuxième quelque part c'est C.C) qui l'aidera à créer un monde meilleur pour Nanaly, ce Zero trompera les autres, comme il pensera et agira de la même façon que Lelouch, celui-ci n'aura plus besoin d'enregistrer des bandes audio pour pouvoir être à la fois au lycée et en dehors. L'autre Zero sera lui-même sur place et dira ainsi ce que Lelouch avait prévu de dire s'il y était aller lui-même. Confusion se mêlerait alors mieux à tout cela, la pièce maîtresse et indispensable de Lelouch est son clone lui-même qui possède également un Geass. Comme par hasard, c'est exactement le même Geass que celui du prince déchu original.